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我国医药化工企业生产的药品种类繁多，除了我国本土的，还包含、有机和无机。需求量和生产工艺的差异使得几大类的产量也各有差异，终工艺废水的成分更是复杂多变。以生产工艺为切入点，的生产工艺主要分为生物制药和化学制药，生物制药是以粮食为源材料进行有机发酵和提炼，化学制药是依靠化学反应完成制药。化学制药的药品制造工艺精细，各类药品所含的辅料众多，产量较大且回收率很低，随之便会产生大量医疗废料，同时在制药反应过程中也会有很多的副产物，在化工制药的前期、中期和后期阶段的医疗废料都会出现在废水中，废水中可能含有高浓度的酸、碱物质或者高浓度的有机物等，更甚者可能存在具有毒性的综合性物质。无机盐、COD、BOD5和有害物质等充斥在废水中，这在很大程度上提高了污水处理的难度和精细度，要根据生产工艺流程的不同，对废水进行分质、分类，并有针对性地给予科学的废水处理工艺，才能保障企业污水处理和排放符合国家规定的工业水污染物的合格标准。医药化工企业的废水的来源主要分为以下几种。
1. 生产工艺废水
指的是制药过程中产生的废水，这也是企业工业废水的主要组成部分，其中包含混装制剂废水、提取类废水、中药类废水、发酵类废水、生化工程类废水、化学合成类废水几大类，这也是废水处理难度的部分。
2. 设备冲洗废水
在制药过程中需要对制药设备进行定期冲洗，冲洗设备产生的废水和冲洗地面的废水，也是工业废水的组成之一。
3. 设备冷却水
许多设备、制冷设备和水循环系统等需要冷却工艺，期间会产生冷却废水。
4. 生活污水
这部分废水主要由工作人员生活起居产生。这类废水的处理工艺相对简单。
医药化工废水的处理原则如下：
1. 严格保证生产和排放的联动性，结合每次生产活动的工艺流程和污水排放标准，针对废料和废水进行分流分质，坚决杜绝废水出现渗漏、污水外泄等事故的发生，严格把控生产工艺末端的污水排放管理。
2. 加强废水处理水平和经济化指标的双向达标。基于医药化工废水的基本结构和特点，要强化对医药废水的预处理工作，通过科学的预处理可以进一步提升有机物的可生化比例，有利于推动后期的生化系统平稳运行。针对不同阶段和不同工艺废水的基本特点，对废水进行清污和分流，并有针对性地选用性价比和可实施性更高的污水处理工艺，可以减少污水处理过程中对其他环节的不利影响，实现工艺的化设计和实施，促进污水处理和经济成本的双向保障。
医药化工企业在追求经济效益的同时要兼顾社会效益，密切关注企业内部的废水处理工作，结合企业的自身发展条件和所产废水特点，发掘、选择科学的废水处理工艺，改善工业废水污染的境况，以促进企业自身和整个社会的和谐可持续发展。